為了催生建造台灣第一座腦科學博物館，以及普及腦科學教育，精神健康基金會從2004年起，以「腦的美麗境界」為主題，於台灣各地進行腦科學教育巡迴展。藉由腦科學展覽，讓民眾深刻認識頭腦，體驗腦功能的運作。
精神健康基金會每年舉辦一次精神健康論壇，以臺灣社會重要的精神健康問題或處境，作為議題，邀集心理、醫療、教育等領域的專家學者們，共同探討、思考並積極求尋求因應的對策。
精神健康基金會以每年12月份的第3個星期六做為「台灣精神健康日」，於當日天舉辦「精神健康嘉年華」，邀請台灣民眾參與活動，提醒民眾應該每年都自我檢測精神健康。
為普及精神健康教育，將腦科學知識融入於日常生活，舉辦系列精神健康講座及影展等。
精神健康基金會使用胡海國教授等學者所設計的問卷量表，以抽樣調查方式施測。精神健康指數區分為「心身健康」、「個人價值」、「生活掌握」、「家庭健康 」四個層面，各層面分數總合的平均數即為精神健康指數的整體得分。用來呈現國民精神健康狀況是否良好，以及做為生活幸福感的指標。